In 18 decembrie 2003, Muresan a fost deferit justitiei de Parchetul National Anticoruptie (actualul DNA), in cazul acestuia procurorii obtinand avizul legal pentru declansarea urmaririi penale a fostului ministru, potrivit mediafax.ro.
In dosar au mai fost trimise in judecata alte trei persoane, respectiv Ioan Truta Enea (fost secretar general adjunct si consilier in cadrul Ministerului Agriculturii si Alimentatiei – MAA) – pentru deturnare de fonduri si complicitate la luare de mita in forma continuata, Silvia Capitanu (fost director general al Directiei Integrare Europeana si Cooperare Internationala din MAA) – pentru deturnare de fonduri, si Dan Jiga (fost director general al Directiei Generale Economice si Relatii Bugetare din MAA) – pentru doua infractiuni de luare de mita in forma continuata.